清洁卫生的厕所是从源头上控制疾病传播的关键，对于公共健康至关重要。农村改厕以来，有效控制了疾病的发生和流行。实施“厕所革命”地区“粪—口”传播疾病的发病率明显下降。

力争到2020年，东部地区和有条件的中西部地区基本完成农村户厕无害化建设改造，有效预防控制肠道传染病、寄生虫病的发生流行。

新中国成立初期，农村地区厕所简陋，“一块木板两块砖，三尺栅栏围四边”曾经是我国农村厕所的真实写照，对环境和水源污染严重，导致霍乱、痢疾等肠道传染病和血吸虫病等寄生虫病高发，给人民群众健康带来巨大危害。

在党中央、国务院的领导下，全国开展了轰轰烈烈的爱国卫生运动。上世纪90年代，改厕工作纳入《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》，广大农村掀起了一场“厕所革命”。

21世纪以来，中央和地方各级财政持续加大对农村改厕的投入。2004年，中央财政设立农村改厕转移支付项目，推广建造无害化卫生厕所，提出了三格化粪池式、双瓮式、三联沼气池式、粪尿分集式、双坑交替式及完整下水道水冲式卫生厕所等6种模式。2009年，农村改厕纳入深化医改重大公共卫生服务项目。

截至2013年，中央财政共投入82.7亿元补助农村改厕工作，补助标准从2004年补助中西部地区150元/户，逐步提高到补助东部地区300元/户、中西部地区500元/户。各地以中央补助资金为先导，采取“国家补一点、集体拿一点、个人出一点”的原则，多方筹措农村改厕资金，为项目实施提供经费保障，加快了农村卫生厕所的普及。

农村改厕，有效控制了疾病的发生和流行。通过对粪便实施无害化处理，有效杀灭粪便中的细菌和寄生虫卵，减少蚊蝇孳生，实现了从源头上预防控制疾病的发生流行。

2009年—2011年医改农村改厕项目综合效益评估显示，项目地区“粪—口”传播疾病的发病率明显下降，由37.5/10万降至22.2/10万，其中痢疾、伤寒和甲肝发病人数分别下降35.2%、25.1%和37.3%。

特别是在血吸虫病疫区，建设卫生厕所已成为血吸虫病传染源控制的重要措施和手段，血防地区改厕村的血吸虫感染率明显下降，为实现“十二五”血吸虫病防控目标发挥了重要作用。